Um grande equívoco de vários programadores que utilizam outras linguagens(C#, Java, etc.) que não PHP, é achar que quem desenvolve em PHP não possui as ferramentas necessárias para desenvolver sistemas robustos, com rapidez e qualidade.
Tenho tido a oportunidade de trabalhar com .NET, além de PHP, e vejo que os programadores são muito dependentes de suas ferramentas. Não sou contra, bem pelo contrário, elas realmente ajudam muito.
A plataforma Microsoft possui todas suas ferramentas muito bem integradas, e isso é um ponto positivo.
Com o  Visual Studio por exemplo, é possível debugar a aplicação em tempo de desenvolvimento e em run-time.
E isso juntamente com o Intellisense* o torna uma boa IDE.

Intellisense:
Basicamente é a referência da linguagem. O famoso auto-completar, que muitos não vivem sem, ou melhor, não trabalham sem.

Mas voltando ao PHP que é o que nos interessa.
Com PHP é possível fazer a mesma coisa que fazemos com outras linguagens.
O NetBeans é uma excelente IDE, e possui uma série de recursos que ajudam no desenvolvimento.
O auto-completar funciona muito bem, e podemos facilmente configura-lo para debugar nossas aplicações, e é isso que vamos ver agora.

Requisitos: Obviamente o Apache com PHP. Caso não tenha:

sudo apt-get install apache2
sudo apt-get install php5
sudo apt-get install libapache2-mod-php5
sudo /etc/init.d/apache2 restart

Xdebug:

sudo apt-get install php5-dev
sudo apt-get install php-pear
sudo pecl install xdebug

Adicione ao php.ini as configurações para o Xdebug:

zend_extension="/usr/lib/php5/20090626+lfs/xdebug.so"
xdebug.remote_port = 9100
xdebug.remote_handler="dbgp"
xdebug.remote_host="localhost"
xdebug.remote_enable = On

Feito isso, reinicie o Apache e está tudo pronto.
Agora com NetBeans abra o seu projeto, crie break-points e faça o Debug de sua aplicação.

Espero que o post tenha ajudado a desmistificar mais uma inverdade sobre o PHP.
Lembrando sempre que o bom programador programa em qualquer linguagem, utiliza todas as ferramentas necessárias para resolver o seu problema e não se detêm a uma simples tecnologia.
Abram a mente.